Peli Alien Quarantine sijoittuu salaisen laboratorion alueelle, jossa kokeita tehdään vangituilla avaruusolentoja. Yksi avaruusolevista onnistui vapautumaan, hän vapautti muut ja todellinen kaaos alkoi laboratoriossa. Pelin Alien Quarantine sankari lähetetään tiedustelulle, mutta hän kohtaa vaarallisen vihollisen. Hänen on palautettava turvajärjestelmä estääkseen hirviöitä murtautumasta muille sektoreille. Tätä varten sinun on aktivoitava useita laitteita, jotka liikkuvat ja ammutaan, väistäen alien hyökkäyksiä.
