Iloinen ja rohkea putkimies Super Mario päätti tänään auttaa kuningasta ja pelastaa prinsessan, jonka pimeä taikuri sieppasi. Sinun Super Mario Advancessa on autettava häntä tässä. Hahmosi näkyy näytöllä edessäsi, joka on tietyssä paikassa. Ohjausnäppäimillä saat hänet ajamaan eteenpäin ja keräämään erilaisia esineitä ja kultakolikoita hajallaan kaikkialle. Matkalla kohtaat aukkoja maahan ja erilaisia ansoja, jotka Mario joutuu hyppäämään ohjauksessasi. Löydät myös erilaisia hirviöitä. Sankarisi voi tappaa heidät, jos hän hyppää heidän päähänsä. Jokaisen hirviön tappamisesta saat pisteitä.