Mario ei ole innostunut Halloweenista, koska yleensä tähän aikaan kaikki pahat henget aktivoituvat Mushroom Kingdomin avaruudessa ja Bowser päästää kaikki kätyrinsä sotkemaan. Super Mario Flash Halloween -versiossa autat Marioa löytämään kaikki roistot ja lopettamaan heidät hyppäämällä ylhäältä. Kaikki sankarin ystävät ja jopa Luigin veli piiloutuvat kotiin eivätkä pistä nenänsä ulos, vain rohkea putkimies ei pelkää ketään. Ja tähän on syynsä - sinä, ketterä pelaaja, hallitset sankaria etkä anna hänen tehdä virhettä Super Mario Flash Halloween -versiossa.