Batmanilla, kuten kaikilla poikkeuksellisilla ja vaikutusvaltaisilla henkilöillä, on monia vihollisia, heitä on lähes kaksi tusinaa, ja heidän joukossaan on kuuluisia ja kirkkaita persoonallisuuksia, kuten Pingviini, Musta naamio, Harley Quinn, Scarecrow, Deadshot, Two-Face, Mad Hatter ja tietysti Jokeri. Hän houkutteli sankarin valtamereen ja lukitsi hänet lasista labyrinttiin. Pelissä Batman Sea Adventure olet tavallinen ihminen, autat supersankaria vapaana salakavalasta vankeudesta. Tätä varten Batman -sukeltajan on saatava ylimääräistä vettä, ja jos hirviö uhkaa häntä, tuhoa hänet kuumalla laavalla Batman Sea Adventure -tapahtumassa.