Kuuluisalla sarjakuvahahmolla, ihmiskunnan pelastajalla, 10-vuotiaalla Ben Tennysonilla on etu muihin maan asukkaisiin nähden siinä, että hän voi käyttää erityistä ulkomaalaistaustaista kelloa, joka voi muuttaa hänet erilaisiksi muiden planeettojen edustajiksi. Mutta Ben 10 Run -pelissä ei tapahdu muutoksia, sankari luottaa omaan voimaansa ja kestävyyteensä. Hänen täytyy juosta avoimen autiomaa-alueen yli hyppäämällä erilaisten esteiden yli. Syynä pakoon on serkkunsa Gwenin katoaminen. Sinun on tehtävä kaikki nopeasti tuhlaamatta aikaa, joten sinun on autettava sankaria hyppäämään esteiden yli ja keräämään kiteitä Ben 10 Run -pelissä.