Nindroidov valtava armeija kapinoi ja alkoivat valloittaa maapallon. Rohkea sankareita peli "Go Ninja: Rise Nindroidov" yrittää pysäyttää kapinaan, ja se vaatii päästä vihollisen tukikohta ja tuhota johtaja. Ennen pitkä matka, voit pelata jokaisen ninja, joka on pelissä. Eri tilanteet vaativat erilaisia merkkejä. Vaihda merkkien heräävät eloon pelin erityinen portaaliin. Jos haluat murtaa este, aiheuttaa voimakas ninja kirveellä, pilko se palasiksi kaiken. Kerää matkan varrella lääkekaappi, vaan yritä pitää pois vihollisia.